Julio César Falcioni fue confirmado como nuevo técnico de Colón y volverá al club para tener revancha, luego un primer paso en el que no le fue bien, en el año 2006.

En aquella ocasión, llegó a un equipo que arrastraba una larga serie de derrotas luego del final de ciclo de Edgardo Bauza y un breve paso de Julio César Toresani como entrenador. Falcioni venía de una serie de buenos torneos en Vélez, un paso irregular por Olimpo, muy buenas campañas con Banfield y una temporada con poco para rescatar en Independiente.

En Santa Fe no le fue bien: entre el Apertura 2006 y el Clausura 2007 cosechó 6 victorias, 9 empates y 10 derrotas, logrando apenas el 36% de los puntos. El equipo quedó complicado con los promedios y fue la campaña de Leonardo Astrada, su sucesor, la que lo sacó de esa zona. En esa etapa Falcioni además tuvo una tensa relación con Esteban Fuertes, máximo goleador de la historia Sabalera, que decidió irse de Santa Fe y pasó a la Universidad Católica de Chile.

Falcioni se fue a Gimnasia, donde no le fue bien, y volvió a Banfield. Allí hizo historia, logrando el título en el Clausura 2009. Eso lo llevó a Boca, donde logró el Apertura 2011 y la Copa Argentina 2012, y llegó a la final de la Libertadores en 2012, donde cayó con Corinthians.

Luego pasó por All Boys, la Universidad Católica y Quilmes. No le fue bien: en ninguno de esos pasos superó el 35% de los puntos. Volvió a Banfield para su tercer ciclo y de ahí recaló en Independiente, donde obtuvo el 49,32% de los puntos en un plantel con muchos juveniles.

Los principales candidatos de la dirigencia para suceder a Domínguez eran Hernán Crespo, Jorge Almirón y Gabriel Heinze, pero ninguna de esas posibilidades pudo concretarse. Ahora, con Mario Sciaqua como Director Deportivo, Falcioni, con 70 años, iniciará su segunda etapa en Colón.